Lích sử hình thành và phát triển của Trường Đại học Tôn Đức Thắng từ khi hình thành đến năm 2020 gắn với sự đóng góp của Tiến sĩ Lê Vinh Danh[6]. Ông Danh là Hiệu trưởng đầu tiên của trường cho đến khi có sự cố đình chỉ năm 2020.

Tiền thân của Trường Đại học Tôn Đức Thắng là Trường Đại học Công nghệ Dân lập Tôn Đức Thắng, được thành lập theo quyết định 787/TTg-QĐ ngày 24 tháng 9 năm 1997 của Thủ tướng Chính phủ. Trường do Liên đoàn lao động TP HCM sáng lập [7], đầu tư và lãnh đạo trực tiếp thông qua Hội đồng quản trị nhà trường do Chủ tịch Liên đoàn Lao động Thành phố đương nhiệm qua các thời kỳ là Chủ tịch.

Với sự tăng trưởng ngày càng nhanh, để Trường có pháp nhân phù hợp bản chất thực của nó (là Trường của tổ chức công đoàn và hoàn toàn không có yếu tố tư nhân), ngày 28 tháng 1 năm 2003, Thủ tướng Chính phủ đã ra Quyết định số 18/2003/TTg-QĐ chuyển đổi pháp nhân của Trường thành Trường Đại học Bán công Tôn Đức Thắng, trực thuộc Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 22 tháng 6 năm 2006, với Quyết định số 146, Chính phủ Việt Nam đã cho phép Trường Đại học Bán công Tôn Đức Thắng chuyển sang loại hình trường đại học công lập theo cơ chế tự chủ việc thu chi học phí.[8]

Ngày 11 tháng 6 năm 2008, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng đã ký Quyết định số 747/QĐ-TTg về việc đổi tên Trường Đại học Bán công Tôn Đức Thắng trực thuộc Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh thành Trường Đại học Tôn Đức Thắng (công lập) và chuyển về trực thuộc Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam[9].